バックパッカー入門！海外一人旅のススメ

＞日本からドイツに行き、フランスやイギリスなどいろいろな国を周って最後にギリシャから日本に帰ろうと思うのですがその場合航空券は行きだけ買うことになるのでしょうか？

行きだけ（片道航空券）では入国できる保証がありませんし、かなり割高にもなりますので、格安航空券の往復（FIX/OPEN）をおすすめします。

※FIX/OPEN：復路のみ変更可能な往復航空券

それも単純往復ではなく、ドイツin/ギリシャoutのオープンジョーが可能な格安航空券にしておけば、移動のロスもありません。単純往復の価格と比較して判断してください。

※オープンジョー：往路の到着地と復路の出発地が異なる往復航空券

こちらのサイトで大体の相場がわかります。

＞次に、トータルで３か月を少しオーバーしたいと思ってるのですがシェンゲン条約国をちょいちょい挟みながらの移動なのでセーフだとおもっているのですが合っていますでしょうか？

シェンゲン圏外での滞在日数はカウントされないので、シェンゲン圏内での滞在日数が合計90日を超えなければ大丈夫です。

＞ホテルはドイツはあてがあるので日本から決め、そのあとは次の場所に行く前に決めて移動のチケットを取る　と考えているのですが考え方としてどうでしょうか？

無難なやり方だと思いますよ。慣れれば（その気になれば）予約なしでも現地で探せるようになります。

参考記事：格安ホテルの探し方